Sehingga tahun 2005, Wilayah Jeju terbahagi kepada dua buah bandar raya (시, si) iaitu Jeju dan Seogwipo serta dua buah kaunti (군, gun) iaitu Bukjeju (Utara Jeju) dan Namjeju (Selatan Jeju). Dua bandar raya tersebut dibahagikan lagi kepada 31 buah kejiranan (dong) dan 2 kaunti itu pula dibahagi kepada 7 buah pekan (읍, eup) dan 5 daerah (myeon). Pekan dan daerah tadi dibahagi lagi kepada 551 buah kampung (ri).

Pada tahun 2005, dua buah kaunti dalam wilayah ini iaitu Bukjeju dan Namjeju telah dicantumkan kepada bandaraya Jeju dan Seogwipo masing-masing hasil daripada pungutan suara terhadap penduduk Jeju.